No ano de 1960, quando aconteceu a transferência de vários funcionários da Câmara dos Deputados do Rio de Janeiro para Brasília, logo aconteceu uma mobilização com o objetivo de ser criado um clube esportivo que agregasse todo esse pessoal.
Surgiu, assim, o Clube Esportivo Câmara dos Deputados. Com esse nome, disputou, em 17 de julho de 1960, um amistoso contra o Grêmio. Foi derrotado por 4 x 2.
Esse mesmo clube passou a ser, a partir de 15 de agosto de 1960 (data oficial de sua fundação), a Associação Atlética Guanabara. Dentre seus fundadores estavam Mário Fonseca Saraiva, Lincoln de Sena Gonçalves, Sylvio Carlos Knapp Didier, Carlos Brasil de Araújo e Matheus Octávio Mandarino.
Como a maioria era torcedora do Clube de Regatas Flamengo, do Rio de Janeiro, suas cores oficiais passaram a ser vermelha e preta e seu uniforme era idêntico ao do rubro-negro carioca, ou seja, camisa com listras horizontais em vermelho e preto, calção branco e meias listradas em vermelho e preto.
Mário Fonseca Saraiva exercia funções de destaque na Câmara dos Deputados; velho militante do esporte, exerceu o cargo de Secretário da antiga CBD, mesmo depois de radicado em Brasília.
No dia 16 de agosto de 1960 aconteceu a Assembléia Geral que concedeu filiação a A. A. Guanabara.
No dia 21 de agosto de 1960 disputou seu primeiro jogo com o novo nome, um amistoso contra o Nacional, jogo cujo resultado final não conseguimos descobrir.
Uma semana depois, em 28 de agosto, realizou outro amistoso, também com o resultado desconhecido.
No dia 4 de setembro de 1960, aconteceu o Torneio Início, a primeira competição organizada pela nova entidade dirigente dos esportes em Brasília, a Federação Desportiva de Brasília. Solicitaram inscrição 16 clubes, dentre eles a A. A. Guanabara e os jogos foram realizados no Estádio Israel Pinheiro, do Guará.
Logo em sua primeira participação, uma surpresa: empate de 0 x 0 com o Defelê (que viria a ser tricampeão brasiliense de 1960 a 1962); na decisão por pênaltis, vitória do Guanabara por 3 x 2. No segundo jogo, vitória de 1 x 0 sobre o Expansão, gol de Walfredo. Na semifinal, foi derrotado pelo Planalto, por 1 x 0.
Em virtude do elevado número de clubes inscritos (16), a Federação Desportiva de Brasília resolveu fazer um torneio para determinar as oito equipes que disputariam o campeonato da Primeira Divisão e as oito que comporiam a Segunda.
Os 16 clubes foram divididos em 4 grupos. Os clubes com campos em condições de jogo foram cabeças-de-chave.
O Guanabara integrou o Grupo C (com jogos no campo do Planalto), juntamente com Defelê, Pederneiras e Planalto.
Na primeira rodada do torneio classificatório, no dia 18 de setembro de 1960, o Guanabara foi goleado pelo Defelê, por 4 x 0.
Uma semana depois, em 25 de setembro, nova derrota por goleada, desta vez para o Pederneiras: 4 x 1. Brasil marcou o gol do Guanabara. Curiosidade: Neiva, do Guanabara, foi expulso de campo; no entanto, o árbitro, João de Souza não conseguiu retirá-lo, ficando o jogador até o final da partida.
Na terceira e última rodada do torneio classificatório, em 9 de outubro, outra vez foi goleado por 4 x 1, diante do Planalto.  Com isso, o Guanabara passou a fazer parte da Segunda Divisão.
O campeonato da Segunda Divisão foi disputado em turno único e contou com a participação de seis equipes: Associação Atlética Guanabara, Brasil Central Atlético Clube, Esporte Clube Industrial, Esporte Clube Real de Brasília, Sobradinho Esporte Clube e o Trópicos Atlético Clube.
O Guanabara ficou na terceira colocação, invicto, com a seguinte campanha: cinco jogos, duas vitórias e três empates; marcou dez gols e sofreu sete.
Em 1961 continuou na Segunda Divisão. No dia 9 de julho foi realizado o Torneio Início da Segunda Divisão (com quatro equipes) e o Guanabara conquistou seu primeiro troféu de campeão, ao derrotar o La Salle (2 x 0) e o Colombo, na final, por 3 x 1.
Estreou na Segunda Divisão no dia 6 de agosto de 1961, com uma goleada de 4 x 1 sobre o La Salle.
No dia 7 de setembro de 1961, disputou um amistoso com o Guará, com o placar de 0 x 0.
Vencedor do primeiro turno, decidiu o campeonato em uma “melhor-de-três” com o ganhador do segundo, o Colombo.
No primeiro jogo, em 12 de novembro de 1961, empate em 1 x 1, com Walfredo marcando para o Guanabara. Duas semanas depois, em 26 de novembro, novo empate, desta vez em 2 x 2, com gols de Walfredo e Barbosinha para o Guanabara.
Finalmente, no 3 de dezembro de 1961, no Estádio Israel Pinheiro, vitória do Guanabara sobre o Colombo, por 1 x 0, gol de Walfredo, resultado que lhe deu o título de campeão da Segunda Divisão e a ascensão para a principal divisão do campeonato brasiliense em 1962.
Uma das formações do Guanabara foi essa: Ivan Braga, Antônio Carlos Dias (Toninho) e Zenildo Vidal Santos; Pedro
Gonçalves de Oliveira (Pedrinho), Antônio Lírio Farneze e Hélcio Rodrigues Dias; Nelício Rodrigues Dias, Hélio Melo Viana, Walfredo Vieira dos Santos, João Dutra Corrêa e Walter de Freitas Oliveira.
Em 1962, quando se reuniu a Seleção de Brasília para o amistoso contra o Vasco da Gama (em 21 de abril: 1 x 1), dois jogadores do Guanabara constavam da lista dos convocados: o goleiro Gonçalinho e o ponteiro-direito Nelício.
Nos dias 30 de maio e 3 de junho foi disputado o Torneio “Antônio Carlos Barbosa”, quadrangular promovido pelo Alvorada, reunindo, além desse clube, Presidência, Guanabara e Cruzeiro do Sul. No dia 30, foi derrotado pelo Presidência (3 x 1) e, no dia 3 de junho venceu o Alvorada (2 x 1).
Em 10 de junho aconteceu a primeira participação em uma competição da Primeira Divisão, o Torneio Início, no Estádio “Ciro Machado do Espírito Santo”. E, novamente, surpreendeu a todos ao conquistar o torneio, após o empate de 0 x 0 com o Nacional (nos pênaltis, vitória de 3 x 1), outro empate de 0 x 0, desta vez com o Rabello (nos pênaltis, nova vitória do Guanabara por 2 x 1, chegando, assim, à final contra o Alvorada. No tempo normal de jogo, empate em 2 x 2. Nos pênaltis, vitória do Guanabara por 6 x 5 e a conquista do título de campeão do Torneio Início.
O Guanabara formou com João I, Toninho e Isaías; João II, Raimundo (Da Silva) e Julinho (Aragão); Luisinho, Barbosinha, Walter (Bocaiúva), Gilberto e Joãozinho.
Logo depois, participou do Torneio da Prefeitura do Distrito Federal, Taça “Embaixador Sette Câmara”, com início em 11 de março de 1962.  Seis clubes participaram e o Guanabara ficou com a quinta colocação.
Já o campeonato brasiliense da Primeira Divisão de 1962 teve a participação de dez clubes e foi dividido em duas zonas: o Guanabara ficou na Norte, juntamente com Nacional, Rabello, Defelê e Alvorada.
Classificavam-se os três primeiros colocados de cada zona para a Fase Final do campeonato. O Guanabara não obteve êxito: foram sete jogos, uma vitória, dois empates e quatro derrotas; marcou sete gols e sofreu doze. Na classificação geral, ficou com a oitava colocação.
Alguns jogadores que defenderam o Guanabara: Goleiro: Cláudio; Defensores: Toninho, Farneze, Zenildo, Agassis, Adilson, João e Julinho; Atacantes: Fuso, Régis, Francisco, Barbosa, Walfredo, Hélio, Eli e Walter.
Já o campeonato de aspirantes foi vencido pelo Guanabara, em decisão contra a A. E. Presidência.
O ano de 1963 não começou muito bem: no dia 7 de abril, foi derrotado no amistoso contra o Rabello: 3 x 0.
No Torneio Início, realizado em 12 de maio, no campo do Grêmio, Estádio “Vasco Viana de Andrade”, foi desclassificado logo em seu primeiro jogo: jogando contra o Defelê, após empate em 1 x 1, foi derrotado nos pênaltis.
E terminou mal o ano de 1963, após disputar o campeonato da Primeira Divisão. Entre nove clubes, ficou com a sexta colocação (16 jogos, 3 vitórias, 7 empates e 6 derrotas; 23 gols a favor e 33 contra).
Os jogadores que defenderam o clube foram: Goleiros: Divaldo, Braga e Diogo; Defensores: Zenildo, Toninho, Aldair, Farneze, Agassis, Jair e Isaías; Atacantes: Barbosinha, Eli, Lula, Chico, Walfredo, Hélio, Nilson e Válter.
Em 25 de fevereiro de 1964 aconteceu a Assembléia Geral que aprovou a reforma nos estatutos da Federação. As categorias passaram a ser: Divisão de Futebol Profissional, Primeira Divisão de Futebol Amador, Segunda Divisão de Futebol Amador, Departamento Autônomo e Divisão de Juvenis.
O Guanabara preferiu continuar na categoria de amadores.
No dia 10 de maio de 1964 disputou o Torneio Início da Primeira Divisão de Amadores, realizado no Estádio “Aristóteles Góes”. No primeiro jogo venceu o Pederneiras por 1 x 0 e, na decisão do torneio, empatou com o Dínamo em 0 x 0, perdendo o
título na cobrança de pênaltis.
Sete clubes participaram da Primeira Divisão de Amadores de 1964: Guanabara, Cruzeiro do Sul, Nacional, Dínamo, Grêmio, Pederneiras e Vila Matias.
Após a realização de dois turnos, o Guanabara sagrou-se campeão, com a seguinte campanha: 12 jogos, 7 vitórias, 4 empates e uma derrota; assinalou 28 gols e sofreu 18.
Entre os artilheiros do campeonato, a primeira posição (junto com Zezito, do Nacional) pertenceu a Lula, do Guanabara, ambos com oito gols. O segundo artilheiro do campeonato também foi do Guanabara, Azulinho, com 6.
Atuaram pelo Guanabara: Goleiro: Diogo; Defensores: Santiago, Walmir, Nelson, Jair, Toninho, Ercy e Agassis; Atacantes: Azulinho, Nelício, Lula, Paulinho, Zezé, Chico e Nilson. Técnico: Adroaldo Lopes.
Esse título deu direito ao Guanabara de defender o futebol do Distrito Federal na Taça Brasil de 1965. Foram dois jogos contra o Atlético Goianiense.
O Guanabara foi aceito pela CBD para disputar a Taça Brasil daquele ano, desde que fosse satisfeita a exigência de “terreno gramado” e capacidade do estádio para o mínimo de dez mil assistentes.
No primeiro jogo, no dia 18 de julho, em Goiânia, derrota de 2 x 0. O Guanabara formou com João, Nair, Cauby, Pelé e Serginho; Moisés (Zé Raimundo) e Azulinho; Paulo Afonso, Lula, Nelício e Nilson.
Uma semana depois, 25 de julho, no Estádio Vasco Viana de Andrade, em Brasília (DF), foi goleado pelo rubro-negro goiano, por 4 x 2. Os gols do Guanabara foram marcados por Paulo Afonso e Nilson. O time foi quase o mesmo do primeiro jogo, com Paulinho no lugar de Nair e Walter revezando com Paulo Afonso na ponta-direita.
Veio o campeonato da Primeira Divisão de Amadores de 1965, com cinco participantes. O Guanabara ficou em segundo lugar, atrás do Pederneiras.
Utilizou esses jogadores: Goleiro: Raspinha; Defensores: Toninho, Zé Luís, Paulinho, Cauby, Nair, Serginho, Agassis e Carneiro; Atacantes: Paulo Afonso, Walter, Zé Raimundo, Lula, Nelício e Nilson.
Como consolo, foi o vencedor da Taça Eficiência de 1965.
A Primeira Divisão de Amadores de 1966 contou com cinco clubes participantes. Além do Guanabara, tomaram parte Cruzeiro do Sul, Nacional, Grêmio e Vila Matias.
O Guanabara voltou a ser campeão, após uma decisão com o Vila Matias. No dia 8 de outubro, empate em 1 x 1. Em 16 de outubro, novo empate em 1 x 1. Finalmente, no dia 23 de outubro, vitória do Guanabara por 2 x 1, sagrando-se
campeão. Ely marcou os dois gols do Guanabara, que formou basicamente com Pena (Frajola), Agassis, Sabará, Francisco e Serginho (Manuel); Geraldo (Aragão) e Jair (Lelé); Nelício (Adilson), Lula (Xavier), Paulinho (Mazinho) e Ely (Walter).
Em 1967 só aconteceu a realização do campeonato brasiliense de profissionais e o Guanabara ficou todo esse tempo sem atividades.
Em 10 de maio de 1968, a Associação Atlética Guanabara decidiu não participar do campeonato de futebol amador. A justificativa era concentrar esforços no sentido de construir a sua praça de esportes. Isso nunca aconteceu. Não disputou nenhuma competição oficial neste ano e nos três próximos anos.
No dia 22 de junho de 1971 aconteceu a Assembléia Geral que aprovou a desfiliação da A. A. Guanabara.