Fundado por um grupo de jovens descendentes de espanhóis e italianos, o clube teve seu primeiro campo de futebol entre as ruas Minas Gerais (atual Rio Grande do Sul), Bahia (atual José Benedetti), Piauí e Monte Alegre.
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Entre seus fundadores, destacamos: José Grigoletto, Manuel da Silva, José Crispim, João Longo, os irmãos
Carlos e José Perim, Felipe Testa, Domingos Sales e José Molinari. Este clube sucedeu ao Monte Alegre Football Club, e passou a ter essa denominação a partir de 1951.
O Clube Atlético Monte Alegre participou, em 1963, da 3ª divisão do futebol profissional da Federação Paulista,enfrentando na época o time do General Motors Esporte Clube, também estreante no profissional daquele ano, em um jogo considerado como o derby sancaetanense.
Em janeiro de 1964, sagrou-se campeão da série B da 3ª divisão empatando em 1×1, no jogo final, contra o São João FC, de Atibaia. Em Julho do mesmo ano, subiu para a 2ª divisão, mesmo sendo derrotado pelo Bandeirantes, de Birigui, por 1×0.
Sua ascensão deveu-se à desistência da vaga, por parte do Promeca, de Jundiaí, em Agosto de 1964, que empatara com o Volkswagem Clube em 1×1.
No mês de Abril de 1965, o Clube Atlético Monte Alegre realizou um jogo amistoso contra o Sport Clube
Corinthians Paulista e o resultado foi de 1×1. O Monte Alegre jogou com Ecio, Fernando, Tim, Wilmar e
Roberto; Hugo e Nelinho; Levy, Touguinho, Edgar e Claudinei. O Corinthians jogou com Heitor, Augusto,
Eduardo e Clóvis; Edson e Gaspar; Marcos, Rivelino, Flávio, Geraldo e Bazani.
Em 22 de Novembro de 1965, o Monte Alegre jogou com o São Paulo FC em jogo beneficente com renda para a APAE e a APAMI. O São Paulo ganhou de 3 X 1, com a seguinte escalação: Suly, Carbone e Landola, Zoé, Jurandir e Tenente, Peter, Aluísio, Nene, Vadinho e Waldir. O Monte Alegre jogou com: Ecio, Oscar, Vilmar e Tim, Levy e Otto, Touguinha, Zezinho, Claudinei, Preguinho e Valter Prado.
O Monte Alegre extinguiu seu Departamento de Futebol Profissional após o Campeonato de 1966.