Foi originado de três outros times que costumavam se enfrentar na Usina, entre eles o Colônia Botafogo. Posteriormente, passou a se chamar União Funilense de Esportes e, finalmente, União Esportiva Funilense. A sua Sede fica localizada no Bairro da Usina Ester. O seu Estádio (próprio) é o Dr. Sergio L. C. Nogueira com capacidade para 700 pessoas.

No início, o time passou a disputar os torneios da Zona Funilense, nome que vinha da vocação industrial da região. O clube jogou profissionalmente de 1978 até 1987, alternando entre as divisões menores do Campeonato Paulista.

 Foram 10 participações consecutivas, duas na Quinta Divisão (atualmente extinta), em 1978 e 1979, e oito na Terceira Divisão (atual A3), de 1980 até 1987. A equipe sempre teve desempenhos medianos e, somente em 1982, o time fez uma campanha memorável.

Naquele ano, a Funilense foi vice-campeã da competição, chegando no quadrangular final junto com  Bonita Barra (que foi a Campeã), José Bonifácio e Palmeirinha. O time não conquistou o acesso para a Segunda Divisão (atual A2) pois somente o campeão tinha esse direito. 

Durante esses anos de profissionalismo, a Funilense disputou um total de 240 partidas. Somou 94 vitórias, 66 empates e 80 derrotas. O time anotou 335 gols e sofreu 289, tendo um saldo de gols positivo de 46 gols.

A maior goleada feita pelo time foi no dia 2 de agosto de 1981, quando venceu o EC Corintians de Casa Branca por 7 a 0, fora de casa. Já a maior derrota aconteceu em 4 de junho de 1978, um revés de 7 a 2, também fora de casa, contra o União Possense F.C. 

Depois da sua participação em 1987,  o clube nunca mais voltou ao futebol profissional, mas sempre continuou com suas atividades esportivas nas disputas das competições amadoras.

FONTES: Almanaque do Futebol Paulista / Wikipédia / Orlando Lacanna