De acordo com registros históricos, o Esporte Clube São Bento foi fundado em 14 de setembro de 1913, na cidade de Sorocaba, interior do estado de São Paulo. Nascido sob o nome de Sorocaba Athletic Club, a agremiação passou a adotar a denominação atual em 18 de outubro de 1914. A motivação para tal mudança pode ter sido dois fatores: uma homenagem ao clube homônimo existente na capital paulista, e em destaque na época, ou o fato de o clube treinar em um campo localizado nos fundos do Mosteiro de São Bento, na região central da cidade.
Permanecendo amador e disputando campeonatos municipais e regionais durante quase 40 anos, a primeira partida oficial do clube como equipe profissional ocorreu no dia 10 de junho de 1953, com a vitória sobre a Ferroviária de Botucatu por 4 a 2, no Campeonato Paulista da Segunda Divisão. Nesse mesmo ano, a equipe enfrentou o primeiro desafio internacional, empatando com o time uruguaio Nacional de Montevidéu por 2 a 2, em Sorocaba.
Em 1963, o Azulão obteve acesso à Divisão Especial do Futebol Paulista, após conquistar o título da Primeira Divisão, atual Série A2. A final foi disputada em três jogos contra o América, sendo a partida decisiva realizada no estádio do Pacaembu, em São Paulo, na noite do dia 22 de fevereiro de 1963.
O São Bento venceu a disputa por 2 a 1. Antes, houve empate sem gols no primeiro jogo, realizado em São José do Rio Preto, e por 1 a 1 no segundo, disputado em Sorocaba. Cerca de 3 mil torcedores sorocabanos foram acompanhar a decisão no Pacaembu. Caravanas foram formadas e até trens especiais colocados à disposição dos torcedores. A final entre as duas equipes, apesar de realizada em 1963, referia-se ao Campeonato de 1962.
E foi na década de 1960 que o clube obteve suas melhores colocações no Campeonato Paulista. Logo no ano de estréia na Divisão Especial, em 1963, o São Bento terminou a competição na quarta colocação, à frente de Corinthians e Portuguesa. Nos anos de 1964, 65 e 68 ficou em sexto e em 1966, 67, 69 e 1970 em oitavo. Na elite do futebol paulista, o Esporte Clube São Bento permaneceu por 29 anos consecutivos, sendo rebaixado em 1991 e, na sequência, para a série A3.
Durante todo esse tempo, inúmeros talentos foram lapidados no clube. Destacam-se, entre tantos, os jogadores Mickey, Pires, Luís Pereira, Paraná, Marinho Peres, Cabralzinho, Odair Patriarca, e Tupãzinho.
Em 2001, os ventos voltaram a soprar em favor do Azulão com a conquista do título do Campeonato Paulista da Série A3. No ano seguinte, em 2002, mais um título. Com uma boa campanha, o São Bento chegou à decisão da Copa Estado de São Paulo e, por ter a vantagem de pontos no campeonato, garantiu o título no dia 7 de dezembro de 2002, após dois empates contra o Jaboticabal.
Em grande fase, a equipe conseguiu retornar à série principal do Futebol Paulista em 2005, quando venceu o Noroeste e conquistou uma das vagas para a Série A1. A permanência na elite durou apenas dois anos. Em 2007, o São Bento acabou sendo rebaixado novamente para a Série A2. Em 2008, a equipe chegou a alcançar o quadrangular semifinal, mas sem obter o acesso.
Nos dois anos seguintes, a equipe de Sorocaba não conseguiu se classificar para a segunda fase da Série A2 do Campeonato Paulista. Em 2009, o clube terminou na 12° colocação, enquanto que em 2010 ficou em 10º lugar.
Em 2011, o São Bento realizou uma campanha muito atípica na Série A2 do Campeonato Paulista, culminando no seu descenso para a Série A3, após ficar na décima colocação no seu grupo do estadual. No segundo semestre, a equipe de Sorocaba disputou a Copa Paulista, mas também sem sucesso, ficando apenas na sétima colocação do seu grupo.
No ano seguinte, a equipe de Sorocaba realizou uma boa campanha na Série A3, porém não conseguiu a classificação para as fases finais do estadual devido aos critérios técnicos. Em 2013, porém, o time fez campanha brilhante, sendo o melhor time da primeira e da segunda fase, conquistando o acesso para a Série A2 no ano de seu centenário.
Em 2014, o clube voltou a fazer um ano brilhante. Ficando entre os quantro melhores clubes do Campeonato Paulista da Série A2, a equipe garantiu o seu retorno para a elite e atualmente disputa o Campeonato Paulista A1.
FONTES: Site do Clube – O Malho