O Flamengo Esporte Clube tem sua sede no bairro Capoeiras na parte continental de Florianópolis. O clube foi fundado em 10 de junho de 1937 mas só se profissionalizou em 1986 para a disputa da primeira edição da Segundona Catarinense.
Disputou a Segunda Divisão nas seguintes edições: 1986, 1987 e 1994. Para o ano de 1995 o clube foi convidado a disputar a Primeira Divisão pois não haveria Segunda Divisão nesse ano, mas o clube acabou desistindo por falta de recursos.
O clube possui atualmente uma sede localizado na Rua Prefeito Dib Cherem, 2789 em Capoeiras.
O Flamenguinho de Capoeiras, como é conhecido, mandava seus jogos nos estádios Orlando Scarpelli e Ressacada. Realizava seus treinos no antigo “Saco da Lama”, atual Parque de Coqueiros em Florianópolis.
O Maior ídolo do clube foi João Carlos da Silva, o Balduíno. No clube Balduíno foi meia, diretor, técnico e até motorista do Flamengo de Capoeiras. Ele também era o motivo da rivalidade com o Figueirense, equipe em que encerrou a carreira em 1984, depois de passar por Avaí, Joinville e Grêmio.
Atualmente, aposentado como professor, Balduíno é comentarista da Rádio Regional FM de Florianópolis e do programa Clube da Bola da RIC TV Florianópolis, que tem exibição todos os sábados antes do meio-dia.
Fonte: Site do Clube, Revista Placar, Wikipédia, Google Maps, RSSSF Brasil e Acervo Pessoal