O Afonso Pena Futebol Clube foi fundado em 16 de Julho de 1936, numa residencia da Rua Afonso Pena, no bairro Bucarein em Joinville.

Sua primeira diretoria era composta por:

Presidente: Virgilio da Silva

Vice-presidente: Odorico Moura

1. Secretario: Wolvenaer Satiro dos Passos

2. Secretario: Joao Eurico Castelhano

1. Tesoureiro: Liberato Dias Tavares

2. Tesoureiro: Paulo Stoicker

Diretor Esportivo: Alfredo Fagundes de Oliveira

Estreou nos campeonatos da Associação Catarinense de Desportos (ACD), atual Liga Joinvillense de Futebol (LJF) em 1938, logo ganhando o apelido de “benjamin da ACD”. Sua estréia oficial foi pouco promissora, pois foi eliminado na 1. rodada do Torneio Inicio pelo Glória F.C.

No campeonato oficial de 1938, embora não tenha brigado pelo titulo, deixou uma otima impressão por ter saido invicto diante do América contra quem conseguiu uma vitória e um empate.

Em Dezembro de 1938, inaugurou o seu estádio, chamado Germano Stein, localizado na rua Porto Belo, no bairro Bucarein.

Disputou ininterruptamente os campeonatos oficiais de Joinville até 1946, tendo vivido o seu auge em 1945 quando foi o vice-campeão.

Entre 1947 e 1949 adotou a denominação de Clube Recreativo Flamengo e as cores rubro-negras. Foi sem duvida seu pior momento, já que foi inúmeras vezes goleado por América, Caxias e Atlético de São Francisco que eram bem superiores aos demais times da região.

Entre 1950 e 1954 esteve ausente dos campeonatos oficiais, retornando em 1955, com a antiga denominação, no campeonato da Segunda Divisão.

Em 1956 fez sua ultima participação na elite do futebol local, com uma modesta campanha, frente a adversários como Gloria, Floresta, Estiva, Operário e São Luiz.