O Macaé foi criado com o nome de Botafogo FC, em julho de 1990, se profissionalizou somente em 1998 e conquistou, de forma invicta, o Estadual da Serie C Carioca neste mesmo ano. Na Serie C Nacional deste ano fez uma campanha regular na primeira fase e conseguiu a classificação para a fase final na última rodada,como quarto colocado do Grupo B. A partir da segunda , no mata mata, o clube foi atropelando ate ser o unico clube carioca campeão nacional em 2014.