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Muitos são os antecedentes do chamado “Rei de todos os esportes”;O FUTEBOL.Na América existem vários,em Cusco não foi diferente,dizem os pesquisadores que os Incas se distraíam com um jogo chamado “POCOSHITA”,que era muito parecido com o futebol atual em que se enfrentavam diversas tribos locais que chutavam bolas de couro coloridas.
Na capital deste Império,Cusco esta também era uma forma de distração.Com isso com o passar dos tempos o futebol se tornou uma realidade local com a criação em 20 de Agosto de 1901 do Club Cienciano.

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Possui este nome porque seus fundadores foram alunos do Colégio Nacional de Ciências ,lugar onde pela primeira vez nesta cidade se jogou o futebol,guiados pelo professor Guillerme Newell,seu primeiro presidente ,treinador e também um de seus primeiros jogadores.
Vestidos com suas camisas vermelhas os ciencianistas debutaram oficialmente em 27 de Julho de 1902,enfrentando ao Atletic Club.
Sua primeira disputa foi a final da Copa Peru de 1967,disputada em Lima acabou sendo derrotado 4 vezes e empatando uma partida e entre os 6 finalistas acabou em ultimo lugar não conseguindo o acesso ao profissionalismo porque subiam 4 equipes.
Em 1968, 1971 e 1972 esteve muito perto chegando a Liguilla final mas não conseguindo o acesso.Atém que em 1973 conseguiu a promoção com o vice-campeonato da Copa Peru.Permaneceu três anos e em 1976 foi rebaixado novamente só conseguindo voltar a 1°divisão em 1989.
O ultimo titulo foi o campeonato Apertura de 2005

O clube atua no estádio Garcilaso de la Veja ,entre as montanhas com um belo visual,com capacidade para 15.000 espectadores.

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