No mesmo dia em que Brasília completava seu primeiro ano de vida (21 de abril de 1961), às dez horas, na Casa 1 da Quadra 16 do Setor Residencial Econômico Sul – SRES, reuniram-se 93 moradores do então bairro do Cruzeiro para a organizar uma associação recreativa e esportiva.
Foi pelos presentes escolhido João Scarano para presidir a seção e para secretariá-la Norberto Fernandes Teixeira.
João Scarano explicou o motivo da criação de uma associação esportiva e recreativa, dizendo que, com a criação daquela entidade o setor teria mais vida e seus moradores não precisariam recorrer a outros lugares para se distraírem, porque a agremiação que estava sendo fundada iria lhes proporcionar o que de melhor existia no setor recreativo e esportivo. Continuou dizendo que já estava sendo providenciada a sua sede provisória, com sua praça de esportes para competições oficiais e que, em breve, seria passada a “patrola” (espécie de trator para nivelar terrenos) para os primeiros passos do futebol no bairro.
A seguir foi escolhida uma comissão para elaborar os estatutos da agremiação, sendo Felinto Epitácio Maia, o Presidente, e tendo como auxiliares Zorobabel Josué dos Passos, Francisco Jacob dos Santos, Geraldo da Silva Santos e Norberto Fernandes Teixeira.
O novo clube recebeu o nome de Associação Esportiva Cruzeiro do Sul e tinha como cores oficiais a azul e a branca.
O uniforme tinha duas variações: o primeiro com camisa azul, calção branco e meias azuis (semelhante do Cruzeiro, de Belo Horizonte) e o segundo com camisas com listras verticais em azul e branco, calção branco e meias com listras horizontais também em azul e branco.
Tinha um gavião como símbolo.
Norberto Fernandes Teixeira foi eleito o primeiro Presidente da A. E. Cruzeiro do Sul.
Aproveitando a paralisação do certame oficial de 1961, o Cruzeiro do Sul fez um amistoso visando a assegurar boa estrutura para sua equipe. No dia 14 de janeiro de 1962, venceu o Carioca, por 4 x 3.
No dia 20 de janeiro de 1962 foi até a cidade goiana de Luziânia, vencendo o clube local por 2 x 0, quebrando uma invencibilidade de 54 jogos do Luziânia.
Nos dias 30 de maio e 3 de junho de 1962 participou do Torneio “Antônio Carlos Barbosa”, quadrangular promovido pelo Alvorada, reunindo também Presidência e Guanabara.
No dia 30 de maio, estragou a festa do clube promotor, vencendo o Alvorada por 6 x 1. No dia 3 de junho, perdeu a final para a A. E. Presidência, por 3 x 1.
Veio o Torneio Início, em 10 de junho de 1962, no Estádio “Ciro Machado do Espírito Santo”. Logo no primeiro jogo, foi derrotado pelo Rabello, por 3 x 0.
Cedeu o zagueiro Edilson Braga para a Seleção que representou o Distrito Federal no Campeonato Brasileiro de 1962.
O Campeonato Brasiliense da Primeira Divisão de 1962 dividiu-se em duas zonas: Norte e Sul. O Cruzeiro do Sul ficou na Zona Sul, onde fez sua estréia na competição no dia 8 de julho de 1962, no Estádio Vasco Viana de Andrade, perdendo para o Grêmio por 1 x 0. Só foi conseguir a primeira vitória já no segundo turno da competição, no dia 19 de agosto de 1962, ao derrotar o Colombo, por 4 x 2. Morales (2) e Walmir (2) marcaram os gols do Cruzeiro do Sul. E foi só essa. Foram oito jogos no total e mais dois empates e cinco derrotas. Marcou 7 gols e sofreu 15. Ficou na penúltima e nona colocação, à frente somente do Alvorada, que desistiu da competição.
Utilizou os seguintes jogadores: goleiros – David e Assis; defensores – Vicente, Meridian, Mello, Adalberto, Morales e Miro; atacantes – Laerte, Foguinho, Barros, Chumbinho, Chaves, Walmir, Isnard e Aguinaldo.
O ano de 1962 não foi de todo ruim para o Cruzeiro do Sul, pois este venceu o primeiro campeonato brasiliense da categoria de juvenis, com apenas um ponto perdido. Participaram da competição os mesmos clubes que disputaram a Primeira Divisão.
Para o ano de 1963, o Cruzeiro do Sul passou a contar com a administração da dupla Norberto Teixeira e Jackson Roedel, o que lhe renderia bons frutos.
Além de manter os bons jogadores de 1962, tais como Edilson Braga e Morales, o Cruzeiro do Sul reforçou o time, contratando bons jogadores dos clubes locais e também de outros Estados, tais como Ceninho, que jogou no futebol carioca (no Fluminense e no América), e Beto Pretti, que era jogador do Atlético Mineiro.
Com isso, conquistou de forma brilhante o título de campeão brasiliense de 1963, com uma campanha impecável: nos 16 jogos que disputou, venceu 10, empatou 5 e perdeu apenas 1. Marcou 39 gols e sofreu 14. Além disso, teve os dois principais artilheiros do campeonato, Ceninho, em 1º (com 10 gols) e Beto Pretti, em 2º (juntamente com Nilson, do Nacional), com 9.
Os jogadores utilizados pelo Cruzeiro do Sul foram: Goleiros – Zezinho e João Luís; Defensores – Edilson Braga, Aderbal, Mello, Davis, Morales, Humberto, Remis, Valdemar, Pedrinho e Pedersoli; Atacantes – Foguinho, Zezito, Ceará, Beto Pretti, Moisés, Ceninho, Omar, Quarteroli, Belini, Raimundinho, Paulinho, Isnard e Zezé.
Na “Seleção do Ano” escolhida pelo DC-Brasília, o Cruzeiro do Sul cedeu Beto Pretti, Ceninho e Quarteroli. Além disso, Beto Pretti foi escolhido o “craque do campeonato” e Gil Campos, o melhor treinador do ano de 1963.
No final deste ano, com a saída de Jackson Roedel para o Rabello (que iria aderir ao profissionalismo no ano seguinte), vários jogadores do Cruzeiro do Sul foram com ele, tais como Aderbal, Ceninho, Beto Pretti e outros.
Assim sendo, não estava mais com sua força máxima quando enfrentou o Vila Nova, de Goiânia (GO) pela Taça Brasil de 1964. No primeiro jogo, em 26 de julho de 1964, em Goiânia, perdeu por 3 x 1. No jogo de volta, em Brasília, foi desclassificado com o empate de 2 x 2.
Defenderam o Cruzeiro do Sul na Taça Brasil os seguintes jogadores: João Luís, Zé Paulo, Melo, Davis e Pedersoli; Mário César e Fino (Beline) (Waldemar); Zezito, Baiano, Paulinho (Abel) e Zezé.
Não adotou o profissionalismo no ano de 1964 e ficou em quarto lugar no campeonato brasiliense de amadores, atrás de Guanabara, Dínamo e Nacional. Foram sete vitórias, dois empates e três derrotas nos doze jogos que disputou.
Como consolo, conquistou a Taça Eficiência de 1964, três pontos à frente do campeão Guanabara, e novamente venceu o campeonato brasiliense de juvenis, com apenas três pontos perdidos.
Continuou perdendo peças importantes para os clubes que aderiram ao profissionalismo e em 1965 realizou péssima campanha no campeonato brasiliense de amadores, chegando em último lugar, sem conquistar ao menos uma vitória.
Em 1966, mais um ano ruim para o Cruzeiro do Sul, novamente último colocado no campeonato brasiliense de amadores.
Em 20 de fevereiro de 1967, a A. E. Cruzeiro do Sul enviou ofício nº 3/67 a Federação Desportiva de Brasília solicitando sua inscrição no campeonato de profissionais. Uma semana depois, aconteceu a Assembléia Geral que elegeu sua nova diretoria, tendo à frente o ex-presidente da Federação, Wilson Antônio de Andrade.
Para concorrer com os fortes adversários, trouxe muitos jogadores do interior de Minas Gerais e também aproveitou alguns jogadores da sua base, sendo o de maior destaque o meio-de-campo Alencar (que mais tarde jogaria no Ceub).
E os resultados não demoraram para aparecer. Foi vice-campeão do Torneio Início (disputado em 11 de junho de 1967). Logo depois, nos dias 16 e 18 de junho, conquistou o torneio interestadual em comemoração ao 9º aniversário de Taguatinga. Os
jogos foram realizados no recém-inaugurado estádio do Flamengo (Ruy Rossas do Nascimento). O Cruzeiro do Sul venceu o Flamengo (3 x 2) e, na decisão, contra o Clube do Remo, do Pará, vitória de 1 x 0,  gol de Ribamar.
Também conquistou um torneio quadrangular realizado na cidade do Gama, em novembro de 1967, vencendo a A. A. Cultural Mariana (2 x 1) e, na decisão, marcou 4 x 3 sobre o Coenge. O outro time que participou do torneio foi o Rabello.
Para coroar o seu bom primeiro ano no profissionalismo, ficou com o vice-campeonato brasiliense, somente atrás do Rabello, à frente de Colombo, Defelê, Flamengo e Guará.
Utilizou os seguintes jogadores: Goleiros – Waldemar e Vicente; Defensores: Juca, Grover, Elias, Maninho, Brigadeiro, Adilson, Ercy, Elinho e Aderbal; Meias e Atacantes – Ramalho, Geraldo, Alencar, Mário César, Paulada, Nando, Luciano e Edgard.
Não conseguiu manter a ótima performance de 1967 no ano seguinte (1968). No campeonato brasiliense deste ano, disputado por apenas cinco equipes, o Cruzeiro do Sul ficou em 4º. Foram apenas duas vitórias nos oito jogos que disputou.
Sua última participação no campeonato de 1968 aconteceu no dia 22 de maio, com derrota de 3 x 0 diante do Defelê. Foi a última vez de forma oficial que o Cruzeiro do Sul entrou em campo.
Preferiu ficar de fora do campeonato brasiliense de 1969, quando a Federação resolveu juntar em sua competição oficial clubes profissionais com amadores, e também do ano seguinte, 1970.
Em 22 de junho de 1971 aconteceu a Assembléia Geral de Clubes que aprovou a desfiliação do Cruzeiro do Sul.