No ano de 1960, quando aconteceu a transferência de vários funcionários da Câmara dos Deputados do Rio de Janeiro para Brasília, logo aconteceu uma mobilização com o objetivo de ser criado um clube esportivo que agregasse todo esse pessoal.
Surgiu, assim, o Clube Esportivo Câmara dos Deputados. Com esse nome, disputou, em 17 de julho de 1960, um amistoso contra o Grêmio. Foi derrotado por 4 x 2.
Esse mesmo clube passou a ser, a partir de 15 de agosto de 1960 (data oficial de sua fundação), a Associação Atlética Guanabara. Dentre seus fundadores estavam Mário Fonseca Saraiva, Lincoln de Sena Gonçalves, Sylvio Carlos Knapp Didier, Carlos Brasil de Araújo e Matheus Octávio Mandarino.
Como a maioria era torcedora do Clube de Regatas Flamengo, do Rio de Janeiro, suas cores oficiais passaram a ser vermelha e preta e seu uniforme era idêntico ao do rubro-negro carioca, ou seja, camisa com listras horizontais em vermelho e preto, calção branco e meias listradas em vermelho e preto.
Mário Fonseca Saraiva exercia funções de destaque na Câmara dos Deputados; velho militante do esporte, exerceu o cargo de Secretário da antiga CBD, mesmo depois de radicado em Brasília.
No dia 16 de agosto de 1960 aconteceu a Assembléia Geral que concedeu filiação a A. A. Guanabara.
No dia 21 de agosto de 1960 disputou seu primeiro jogo com o novo nome, um amistoso contra o Nacional, jogo cujo resultado final não conseguimos descobrir.
Uma semana depois, em 28 de agosto, realizou outro amistoso, também com o resultado desconhecido.
No dia 4 de setembro de 1960, aconteceu o Torneio Início, a primeira competição organizada pela nova entidade dirigente dos esportes em Brasília, a Federação Desportiva de Brasília. Solicitaram inscrição 16 clubes, dentre eles a A. A. Guanabara e os jogos foram realizados no Estádio Israel Pinheiro, do Guará.
Logo em sua primeira participação, uma surpresa: empate de 0 x 0 com o Defelê (que viria a ser tricampeão brasiliense de 1960 a 1962); na decisão por pênaltis, vitória do Guanabara por 3 x 2. No segundo jogo, vitória de 1 x 0 sobre o Expansão, gol de Walfredo. Na semifinal, foi derrotado pelo Planalto, por 1 x 0.
Em virtude do elevado número de clubes inscritos (16), a Federação Desportiva de Brasília resolveu fazer um torneio para determinar as oito equipes que disputariam o campeonato da Primeira Divisão e as oito que comporiam a Segunda.
Os 16 clubes foram divididos em 4 grupos. Os clubes com campos em condições de jogo foram cabeças-de-chave.
O Guanabara integrou o Grupo C (com jogos no campo do Planalto), juntamente com Defelê, Pederneiras e Planalto.
Na primeira rodada do torneio classificatório, no dia 18 de setembro de 1960, o Guanabara foi goleado pelo Defelê, por 4 x 0.
Uma semana depois, em 25 de setembro, nova derrota por goleada, desta vez para o Pederneiras: 4 x 1. Brasil marcou o gol do Guanabara. Curiosidade: Neiva, do Guanabara, foi expulso de campo; no entanto, o árbitro, João de Souza não conseguiu retirá-lo, ficando o jogador até o final da partida.
Na terceira e última rodada do torneio classificatório, em 9 de outubro, outra vez foi goleado por 4 x 1, diante do Planalto.  Com isso, o Guanabara passou a fazer parte da Segunda Divisão.
O campeonato da Segunda Divisão foi disputado em turno único e contou com a participação de seis equipes: Associação Atlética Guanabara, Brasil Central Atlético Clube, Esporte Clube Industrial, Esporte Clube Real de Brasília, Sobradinho Esporte Clube e o Trópicos Atlético Clube.
O Guanabara ficou na terceira colocação, invicto, com a seguinte campanha: cinco jogos, duas vitórias e três empates; marcou dez gols e sofreu sete.
Em 1961 continuou na Segunda Divisão. No dia 9 de julho foi realizado o Torneio Início da Segunda Divisão (com quatro equipes) e o Guanabara conquistou seu primeiro troféu de campeão, ao derrotar o La Salle (2 x 0) e o Colombo, na final, por 3 x 1.
Estreou na Segunda Divisão no dia 6 de agosto de 1961, com uma goleada de 4 x 1 sobre o La Salle.
No dia 7 de setembro de 1961, disputou um amistoso com o Guará, com o placar de 0 x 0.
Vencedor do primeiro turno, decidiu o campeonato em uma “melhor-de-três” com o ganhador do segundo, o Colombo.
No primeiro jogo, em 12 de novembro de 1961, empate em 1 x 1, com Walfredo marcando para o Guanabara. Duas semanas depois, em 26 de novembro, novo empate, desta vez em 2 x 2, com gols de Walfredo e Barbosinha para o Guanabara.
Finalmente, no 3 de dezembro de 1961, no Estádio Israel Pinheiro, vitória do Guanabara sobre o Colombo, por 1 x 0, gol de Walfredo, resultado que lhe deu o título de campeão da Segunda Divisão e a ascensão para a principal divisão do campeonato brasiliense em 1962.
Uma das formações do Guanabara foi essa: Ivan Braga, Antônio Carlos Dias (Toninho) e Zenildo Vidal Santos; Pedro
Gonçalves de Oliveira (Pedrinho), Antônio Lírio Farneze e Hélcio Rodrigues Dias; Nelício Rodrigues Dias, Hélio Melo Viana, Walfredo Vieira dos Santos, João Dutra Corrêa e Walter de Freitas Oliveira.
Em 1962, quando se reuniu a Seleção de Brasília para o amistoso contra o Vasco da Gama (em 21 de abril: 1 x 1), dois jogadores do Guanabara constavam da lista dos convocados: o goleiro Gonçalinho e o ponteiro-direito Nelício.
Nos dias 30 de maio e 3 de junho foi disputado o Torneio “Antônio Carlos Barbosa”, quadrangular promovido pelo Alvorada, reunindo, além desse clube, Presidência, Guanabara e Cruzeiro do Sul. No dia 30, foi derrotado pelo Presidência (3 x 1) e, no dia 3 de junho venceu o Alvorada (2 x 1).
Em 10 de junho aconteceu a primeira participação em uma competição da Primeira Divisão, o Torneio Início, no Estádio “Ciro Machado do Espírito Santo”. E, novamente, surpreendeu a todos ao conquistar o torneio, após o empate de 0 x 0 com o Nacional (nos pênaltis, vitória de 3 x 1), outro empate de 0 x 0, desta vez com o Rabello (nos pênaltis, nova vitória do Guanabara por 2 x 1, chegando, assim, à final contra o Alvorada. No tempo normal de jogo, empate em 2 x 2. Nos pênaltis, vitória do Guanabara por 6 x 5 e a conquista do título de campeão do Torneio Início.
O Guanabara formou com João I, Toninho e Isaías; João II, Raimundo (Da Silva) e Julinho (Aragão); Luisinho, Barbosinha, Walter (Bocaiúva), Gilberto e Joãozinho.
Logo depois, participou do Torneio da Prefeitura do Distrito Federal, Taça “Embaixador Sette Câmara”, com início em 11 de março de 1962.  Seis clubes participaram e o Guanabara ficou com a quinta colocação.
Já o campeonato brasiliense da Primeira Divisão de 1962 teve a participação de dez clubes e foi dividido em duas zonas: o Guanabara ficou na Norte, juntamente com Nacional, Rabello, Defelê e Alvorada.
Classificavam-se os três primeiros colocados de cada zona para a Fase Final do campeonato. O Guanabara não obteve êxito: foram sete jogos, uma vitória, dois empates e quatro derrotas; marcou sete gols e sofreu doze. Na classificação geral, ficou com a oitava colocação.
Alguns jogadores que defenderam o Guanabara: Goleiro: Cláudio; Defensores: Toninho, Farneze, Zenildo, Agassis, Adilson, João e Julinho; Atacantes: Fuso, Régis, Francisco, Barbosa, Walfredo, Hélio, Eli e Walter.
Já o campeonato de aspirantes foi vencido pelo Guanabara, em decisão contra a A. E. Presidência.
O ano de 1963 não começou muito bem: no dia 7 de abril, foi derrotado no amistoso contra o Rabello: 3 x 0.
No Torneio Início, realizado em 12 de maio, no campo do Grêmio, Estádio “Vasco Viana de Andrade”, foi desclassificado logo em seu primeiro jogo: jogando contra o Defelê, após empate em 1 x 1, foi derrotado nos pênaltis.
E terminou mal o ano de 1963, após disputar o campeonato da Primeira Divisão. Entre nove clubes, ficou com a sexta colocação (16 jogos, 3 vitórias, 7 empates e 6 derrotas; 23 gols a favor e 33 contra).
Os jogadores que defenderam o clube foram: Goleiros: Divaldo, Braga e Diogo; Defensores: Zenildo, Toninho, Aldair, Farneze, Agassis, Jair e Isaías; Atacantes: Barbosinha, Eli, Lula, Chico, Walfredo, Hélio, Nilson e Válter.
Em 25 de fevereiro de 1964 aconteceu a Assembléia Geral que aprovou a reforma nos estatutos da Federação. As categorias passaram a ser: Divisão de Futebol Profissional, Primeira Divisão de Futebol Amador, Segunda Divisão de Futebol Amador, Departamento Autônomo e Divisão de Juvenis.
O Guanabara preferiu continuar na categoria de amadores.
No dia 10 de maio de 1964 disputou o Torneio Início da Primeira Divisão de Amadores, realizado no Estádio “Aristóteles Góes”. No primeiro jogo venceu o Pederneiras por 1 x 0 e, na decisão do torneio, empatou com o Dínamo em 0 x 0, perdendo o
título na cobrança de pênaltis.
Sete clubes participaram da Primeira Divisão de Amadores de 1964: Guanabara, Cruzeiro do Sul, Nacional, Dínamo, Grêmio, Pederneiras e Vila Matias.
Após a realização de dois turnos, o Guanabara sagrou-se campeão, com a seguinte campanha: 12 jogos, 7 vitórias, 4 empates e uma derrota; assinalou 28 gols e sofreu 18.
Entre os artilheiros do campeonato, a primeira posição (junto com Zezito, do Nacional) pertenceu a Lula, do Guanabara, ambos com oito gols. O segundo artilheiro do campeonato também foi do Guanabara, Azulinho, com 6.
Atuaram pelo Guanabara: Goleiro: Diogo; Defensores: Santiago, Walmir, Nelson, Jair, Toninho, Ercy e Agassis; Atacantes: Azulinho, Nelício, Lula, Paulinho, Zezé, Chico e Nilson. Técnico: Adroaldo Lopes.
Esse título deu direito ao Guanabara de defender o futebol do Distrito Federal na Taça Brasil de 1965. Foram dois jogos contra o Atlético Goianiense.
O Guanabara foi aceito pela CBD para disputar a Taça Brasil daquele ano, desde que fosse satisfeita a exigência de “terreno gramado” e capacidade do estádio para o mínimo de dez mil assistentes.
No primeiro jogo, no dia 18 de julho, em Goiânia, derrota de 2 x 0. O Guanabara formou com João, Nair, Cauby, Pelé e Serginho; Moisés (Zé Raimundo) e Azulinho; Paulo Afonso, Lula, Nelício e Nilson.
Uma semana depois, 25 de julho, no Estádio Vasco Viana de Andrade, em Brasília (DF), foi goleado pelo rubro-negro goiano, por 4 x 2. Os gols do Guanabara foram marcados por Paulo Afonso e Nilson. O time foi quase o mesmo do primeiro jogo, com Paulinho no lugar de Nair e Walter revezando com Paulo Afonso na ponta-direita.
Veio o campeonato da Primeira Divisão de Amadores de 1965, com cinco participantes. O Guanabara ficou em segundo lugar, atrás do Pederneiras.
Utilizou esses jogadores: Goleiro: Raspinha; Defensores: Toninho, Zé Luís, Paulinho, Cauby, Nair, Serginho, Agassis e Carneiro; Atacantes: Paulo Afonso, Walter, Zé Raimundo, Lula, Nelício e Nilson.
Como consolo, foi o vencedor da Taça Eficiência de 1965.
A Primeira Divisão de Amadores de 1966 contou com cinco clubes participantes. Além do Guanabara, tomaram parte Cruzeiro do Sul, Nacional, Grêmio e Vila Matias.
O Guanabara voltou a ser campeão, após uma decisão com o Vila Matias. No dia 8 de outubro, empate em 1 x 1. Em 16 de outubro, novo empate em 1 x 1. Finalmente, no dia 23 de outubro, vitória do Guanabara por 2 x 1, sagrando-se
campeão. Ely marcou os dois gols do Guanabara, que formou basicamente com Pena (Frajola), Agassis, Sabará, Francisco e Serginho (Manuel); Geraldo (Aragão) e Jair (Lelé); Nelício (Adilson), Lula (Xavier), Paulinho (Mazinho) e Ely (Walter).
Em 1967 só aconteceu a realização do campeonato brasiliense de profissionais e o Guanabara ficou todo esse tempo sem atividades.
Em 10 de maio de 1968, a Associação Atlética Guanabara decidiu não participar do campeonato de futebol amador. A justificativa era concentrar esforços no sentido de construir a sua praça de esportes. Isso nunca aconteceu. Não disputou nenhuma competição oficial neste ano e nos três próximos anos.
No dia 22 de junho de 1971 aconteceu a Assembléia Geral que aprovou a desfiliação da A. A. Guanabara.

No mesmo dia em que Brasília completava seu primeiro ano de vida (21 de abril de 1961), às dez horas, na Casa 1 da Quadra 16 do Setor Residencial Econômico Sul – SRES, reuniram-se 93 moradores do então bairro do Cruzeiro para a organizar uma associação recreativa e esportiva.
Foi pelos presentes escolhido João Scarano para presidir a seção e para secretariá-la Norberto Fernandes Teixeira.
João Scarano explicou o motivo da criação de uma associação esportiva e recreativa, dizendo que, com a criação daquela entidade o setor teria mais vida e seus moradores não precisariam recorrer a outros lugares para se distraírem, porque a agremiação que estava sendo fundada iria lhes proporcionar o que de melhor existia no setor recreativo e esportivo. Continuou dizendo que já estava sendo providenciada a sua sede provisória, com sua praça de esportes para competições oficiais e que, em breve, seria passada a “patrola” (espécie de trator para nivelar terrenos) para os primeiros passos do futebol no bairro.
A seguir foi escolhida uma comissão para elaborar os estatutos da agremiação, sendo Felinto Epitácio Maia, o Presidente, e tendo como auxiliares Zorobabel Josué dos Passos, Francisco Jacob dos Santos, Geraldo da Silva Santos e Norberto Fernandes Teixeira.
O novo clube recebeu o nome de Associação Esportiva Cruzeiro do Sul e tinha como cores oficiais a azul e a branca.
O uniforme tinha duas variações: o primeiro com camisa azul, calção branco e meias azuis (semelhante do Cruzeiro, de Belo Horizonte) e o segundo com camisas com listras verticais em azul e branco, calção branco e meias com listras horizontais também em azul e branco.
Tinha um gavião como símbolo.
Norberto Fernandes Teixeira foi eleito o primeiro Presidente da A. E. Cruzeiro do Sul.
Aproveitando a paralisação do certame oficial de 1961, o Cruzeiro do Sul fez um amistoso visando a assegurar boa estrutura para sua equipe. No dia 14 de janeiro de 1962, venceu o Carioca, por 4 x 3.
No dia 20 de janeiro de 1962 foi até a cidade goiana de Luziânia, vencendo o clube local por 2 x 0, quebrando uma invencibilidade de 54 jogos do Luziânia.
Nos dias 30 de maio e 3 de junho de 1962 participou do Torneio “Antônio Carlos Barbosa”, quadrangular promovido pelo Alvorada, reunindo também Presidência e Guanabara.
No dia 30 de maio, estragou a festa do clube promotor, vencendo o Alvorada por 6 x 1. No dia 3 de junho, perdeu a final para a A. E. Presidência, por 3 x 1.
Veio o Torneio Início, em 10 de junho de 1962, no Estádio “Ciro Machado do Espírito Santo”. Logo no primeiro jogo, foi derrotado pelo Rabello, por 3 x 0.
Cedeu o zagueiro Edilson Braga para a Seleção que representou o Distrito Federal no Campeonato Brasileiro de 1962.
O Campeonato Brasiliense da Primeira Divisão de 1962 dividiu-se em duas zonas: Norte e Sul. O Cruzeiro do Sul ficou na Zona Sul, onde fez sua estréia na competição no dia 8 de julho de 1962, no Estádio Vasco Viana de Andrade, perdendo para o Grêmio por 1 x 0. Só foi conseguir a primeira vitória já no segundo turno da competição, no dia 19 de agosto de 1962, ao derrotar o Colombo, por 4 x 2. Morales (2) e Walmir (2) marcaram os gols do Cruzeiro do Sul. E foi só essa. Foram oito jogos no total e mais dois empates e cinco derrotas. Marcou 7 gols e sofreu 15. Ficou na penúltima e nona colocação, à frente somente do Alvorada, que desistiu da competição.
Utilizou os seguintes jogadores: goleiros – David e Assis; defensores – Vicente, Meridian, Mello, Adalberto, Morales e Miro; atacantes – Laerte, Foguinho, Barros, Chumbinho, Chaves, Walmir, Isnard e Aguinaldo.
O ano de 1962 não foi de todo ruim para o Cruzeiro do Sul, pois este venceu o primeiro campeonato brasiliense da categoria de juvenis, com apenas um ponto perdido. Participaram da competição os mesmos clubes que disputaram a Primeira Divisão.
Para o ano de 1963, o Cruzeiro do Sul passou a contar com a administração da dupla Norberto Teixeira e Jackson Roedel, o que lhe renderia bons frutos.
Além de manter os bons jogadores de 1962, tais como Edilson Braga e Morales, o Cruzeiro do Sul reforçou o time, contratando bons jogadores dos clubes locais e também de outros Estados, tais como Ceninho, que jogou no futebol carioca (no Fluminense e no América), e Beto Pretti, que era jogador do Atlético Mineiro.
Com isso, conquistou de forma brilhante o título de campeão brasiliense de 1963, com uma campanha impecável: nos 16 jogos que disputou, venceu 10, empatou 5 e perdeu apenas 1. Marcou 39 gols e sofreu 14. Além disso, teve os dois principais artilheiros do campeonato, Ceninho, em 1º (com 10 gols) e Beto Pretti, em 2º (juntamente com Nilson, do Nacional), com 9.
Os jogadores utilizados pelo Cruzeiro do Sul foram: Goleiros – Zezinho e João Luís; Defensores – Edilson Braga, Aderbal, Mello, Davis, Morales, Humberto, Remis, Valdemar, Pedrinho e Pedersoli; Atacantes – Foguinho, Zezito, Ceará, Beto Pretti, Moisés, Ceninho, Omar, Quarteroli, Belini, Raimundinho, Paulinho, Isnard e Zezé.
Na “Seleção do Ano” escolhida pelo DC-Brasília, o Cruzeiro do Sul cedeu Beto Pretti, Ceninho e Quarteroli. Além disso, Beto Pretti foi escolhido o “craque do campeonato” e Gil Campos, o melhor treinador do ano de 1963.
No final deste ano, com a saída de Jackson Roedel para o Rabello (que iria aderir ao profissionalismo no ano seguinte), vários jogadores do Cruzeiro do Sul foram com ele, tais como Aderbal, Ceninho, Beto Pretti e outros.
Assim sendo, não estava mais com sua força máxima quando enfrentou o Vila Nova, de Goiânia (GO) pela Taça Brasil de 1964. No primeiro jogo, em 26 de julho de 1964, em Goiânia, perdeu por 3 x 1. No jogo de volta, em Brasília, foi desclassificado com o empate de 2 x 2.
Defenderam o Cruzeiro do Sul na Taça Brasil os seguintes jogadores: João Luís, Zé Paulo, Melo, Davis e Pedersoli; Mário César e Fino (Beline) (Waldemar); Zezito, Baiano, Paulinho (Abel) e Zezé.
Não adotou o profissionalismo no ano de 1964 e ficou em quarto lugar no campeonato brasiliense de amadores, atrás de Guanabara, Dínamo e Nacional. Foram sete vitórias, dois empates e três derrotas nos doze jogos que disputou.
Como consolo, conquistou a Taça Eficiência de 1964, três pontos à frente do campeão Guanabara, e novamente venceu o campeonato brasiliense de juvenis, com apenas três pontos perdidos.
Continuou perdendo peças importantes para os clubes que aderiram ao profissionalismo e em 1965 realizou péssima campanha no campeonato brasiliense de amadores, chegando em último lugar, sem conquistar ao menos uma vitória.
Em 1966, mais um ano ruim para o Cruzeiro do Sul, novamente último colocado no campeonato brasiliense de amadores.
Em 20 de fevereiro de 1967, a A. E. Cruzeiro do Sul enviou ofício nº 3/67 a Federação Desportiva de Brasília solicitando sua inscrição no campeonato de profissionais. Uma semana depois, aconteceu a Assembléia Geral que elegeu sua nova diretoria, tendo à frente o ex-presidente da Federação, Wilson Antônio de Andrade.
Para concorrer com os fortes adversários, trouxe muitos jogadores do interior de Minas Gerais e também aproveitou alguns jogadores da sua base, sendo o de maior destaque o meio-de-campo Alencar (que mais tarde jogaria no Ceub).
E os resultados não demoraram para aparecer. Foi vice-campeão do Torneio Início (disputado em 11 de junho de 1967). Logo depois, nos dias 16 e 18 de junho, conquistou o torneio interestadual em comemoração ao 9º aniversário de Taguatinga. Os
jogos foram realizados no recém-inaugurado estádio do Flamengo (Ruy Rossas do Nascimento). O Cruzeiro do Sul venceu o Flamengo (3 x 2) e, na decisão, contra o Clube do Remo, do Pará, vitória de 1 x 0,  gol de Ribamar.
Também conquistou um torneio quadrangular realizado na cidade do Gama, em novembro de 1967, vencendo a A. A. Cultural Mariana (2 x 1) e, na decisão, marcou 4 x 3 sobre o Coenge. O outro time que participou do torneio foi o Rabello.
Para coroar o seu bom primeiro ano no profissionalismo, ficou com o vice-campeonato brasiliense, somente atrás do Rabello, à frente de Colombo, Defelê, Flamengo e Guará.
Utilizou os seguintes jogadores: Goleiros – Waldemar e Vicente; Defensores: Juca, Grover, Elias, Maninho, Brigadeiro, Adilson, Ercy, Elinho e Aderbal; Meias e Atacantes – Ramalho, Geraldo, Alencar, Mário César, Paulada, Nando, Luciano e Edgard.
Não conseguiu manter a ótima performance de 1967 no ano seguinte (1968). No campeonato brasiliense deste ano, disputado por apenas cinco equipes, o Cruzeiro do Sul ficou em 4º. Foram apenas duas vitórias nos oito jogos que disputou.
Sua última participação no campeonato de 1968 aconteceu no dia 22 de maio, com derrota de 3 x 0 diante do Defelê. Foi a última vez de forma oficial que o Cruzeiro do Sul entrou em campo.
Preferiu ficar de fora do campeonato brasiliense de 1969, quando a Federação resolveu juntar em sua competição oficial clubes profissionais com amadores, e também do ano seguinte, 1970.
Em 22 de junho de 1971 aconteceu a Assembléia Geral de Clubes que aprovou a desfiliação do Cruzeiro do Sul.