Fundado em 9 de fevereiro de 1955 por padres da Ordem dos Combonianos, para disputar campeonatos de futebol amador, para melhor integração da comunidade. O nome foi sugerido por um sacristão da Igreja Matriz durante uma reunião da primeira diretoria. O motivo é o recebimento da estátua com um Leão em bronze oriunda da Itália que veio para Nova Venécia, e instalado na marquise  da igreja, tornando-se um símbolo imponente da cidade. Além disso, São Marcos, o padroeiro da cidade, tem uma escultura no  interior da Matriz, onde aparece ladeado por seu leão. Daí o nome de Leão de São Marcos, para o time  que fez história com as cores verde e amarelo ouro.

Em 1976, após três anos de inatividade, o Leão de São Marcos foi ressuscitado com ajuda do Padre espanhol Emílio Gonzalez Escalada, um apaixonado por futebol, que largou as fileiras do Sport Club Veneciano para tentar resgatar o futebol leonino, tornando-se presidente da equipe. Filiou-se à Federação Desportiva Espírito-santense, disputou o certame amador do Norte, reconquistou para o clube a velha popularidade e, colocou na disputa do Campeonato Capixaba profissional em 1977. Disputou também em 1979 e 1980.

Em 1977, o clube foi destaque na Revista Placar, que publicou uma matéria elogiando o nome do clube, considerado o mais bonito do Brasil.

fontes : dados pessoais, Revista Placar, RSSSF e Blog do Timinha Campos, http://leaodesaomarcosec.blogspot.com.br/

O clube utilizou outros escudos parecidos em seus uniformes, alterando o formato do escudo e das letras, mas sempre nas cores verde e amarelo ouro.

Em muitos site especializados publicam outros escudos do clube, inclusive o que se encontra oficialmente na Federação (abaixo a esquerda), que não é reconhecido pelo clube, mas foi utilizado em seus uniformes em 1977. Atualmente utiliza uma foto do leão alado no escudo (abaixo a direita).

Em 2009, o clube voltou a suas atividades, disputando campeonatos amadores, e para promover o clube contratou o goleador Túlio Maravilha, na sua busca pelo miléssimo gol.