O clube que viria a ser o Jaguar Esporte Clube, do Núcleo Bandeirante, foi fundado em 16 de março de 1968, nas dependências do Departamento Administrativo da Fundação Zoobotânica do Distrito Federal, com o nome de Clube Recreativo Fundação Zoobotânica.
Reuniram-se, entre outros, José Daniel Belluco, Clóvis Fleury de Godoy, João Batista de Lacerda, Malvino Araújo Xavier, Antônio Antunes Figueiredo, Hélio Batista de Deus, Mário Alves da Silva, André Vieira Macarini, Oscar Rodrigues
da Costa, José Jerônimo Ferreira, Josino Lopes Viana e Vicente Pinto de Souza, com o intuito de desenvolver entre os funcionários desta Fundação a prática do esporte, bem como incrementar atividades sociais e culturais.
A primeira diretoria eleita ficou assim constituída: Presidente – José Daniel Belluco; 1º Vice-Presidente – Rádio Lima Fialho; 1º Tesoureiro – João Batista de Lacerda, 2º Tesoureiro – Joaquim Rodrigues de Souza; 1º Secretário – Josino Lopes Viana; 2º Secretário – Oscar Rodrigues da Costa e Diretor de Esportes – Malvino Araújo Xavier.
As cores oficiais do novo clube eram a preta e a branca. O primeiro uniforme era composto de camisa branca com detalhes em preto na gola e nos punhos, calção preto e meias brancas. O segundo tinha camisa com listras verticais pretas e brancas, calção branco e meias com listras horizontais pretas e brancas.
Alterou o nome para Jaguar Esporte Clube em Assembléia Geral de 12 de março de 1969.
Inicialmente, o Jaguar comunicou que disputaria o Campeonato do Departamento Autônomo em 1969. Mas, para este ano, a Federação Desportiva de Brasília resolveu promover um campeonato reunindo clubes amadores e profissionais.
Assim, o Jaguar nem chegou a disputar o campeonato do Departamento Autônomo, já fazendo sua estréia diretamente no campeonato oficial de Brasília.
Sua estréia aconteceu no dia 19 de abril de 1969, no Estádio Ciro Machado do Espírito Santo, do Defelê. Empatou em 1 x 1 com o CSU, clube da Universidade de Brasília.
Ao final do 1º turno, o Jaguar classificou-se em segundo lugar no Grupo A, um ponto atrás do líder, o Grêmio Brasiliense. Eram onze clubes no Grupo A e treze no B, dos quais os seis primeiros colocados passavam para a Fase Final. Nos dez jogos que disputou, o Jaguar venceu sete, empatou dois e só perdeu um (para o Piloto: 1 x 2). Marcou 16 gols e sofreu 5.
Na Fase Final não foi tão bem assim, empatando muitos jogos. Ficou com a terceira colocação no final, com 13 pontos ganhos, atrás do campeão Coenge (19) e do vice-campeão Grêmio Brasiliense (17).
Foram onze jogos, com quatro vitórias, cinco empates e duas derrotas. Marcou 18 gols e sofreu 11.
Sua formação básica foi Silva, Paulo Henrique, Dão, Noel e Felipe; Baiano e Pedrinho; Gildo (Zé Raimundo), Cascorel, Heitor e Reco.
Em 1970 ficou na quarta colocação do Torneio “Governador Hélio Prates da Silveira”, disputado por oito equipes.
No campeonato brasiliense de 1970 ficou em quarto lugar na Primeira Fase, que classificava seis clubes entre os dez participantes para uma etapa decisiva.
No turno final, ficou com a sexta e última colocação. Disputou cinco jogos, não venceu nenhum e perdeu quatro vezes (empatou um). Marcou apenas dois gols e sofreu nove.
Em 1971, venceu o Torneio Governador do Distrito Federal, com uma excelente campanha. Nos dez jogos que disputou, venceu oito, empatou um e perdeu um. Marcou 19 gols e sofreu 8.
Formou, basicamente, com Silva, Dão, Cláudio Oliveira, Noel e Emábio; Lúcio e Jorrâneo; Zinho, Paulinho, Batista e Oliveira.
Não repetiu suas boas atuações no campeonato brasiliense, disputado por apenas cinco equipes. Ficou na quinta e última colocação, vencendo apenas um dos oito jogos disputados.
No dia 1º de agosto de 1972 efetuou pedido de licença dos campeonatos e torneios da Federação pelo prazo de um ano.
Retornou em 1973, disputando o campeonato brasiliense daquele ano com mais nove equipes e chegando na quarta colocação (17 jogos, 8 vitórias, 2 empates e 7 derrotas; 18 gols a favor e 20 contra).
Seu artilheiro no campeonato foi Tita, com 7 gols. Por outro lado, conquistou a Taça Disciplina, com seis pontos negativos.
Defenderam o Jaguar em 1973: Goleiros – Silva e Carlos; Defensores – Aderbal, Dão, Pedro, Baiano, Ventura, Felipe, Lúcio e Max; Atacantes – Ariston, Djalma, Carlos Alberto, Batista, Ceará, Paulinho e Tita. O técnico foi Airton Nogueira.
Venceu o primeiro turno do campeonato brasiliense de 1974 e ficou atrás do Pioneira no segundo, posicionamentos que tornaram obrigatória a decisão do campeonato em melhor-de-três.
Perdeu os dois jogos para o Pioneira e ficou com o vice-campeonato.
No segundo jogo, em 8 de dezembro de 1974, atuou com apenas dez jogadores. Jogou desfalcado de quatro titulares: Leocrécio, Salvador, Décio e Ariston, que viajaram com a equipe de juvenis do Ceub, emprestados ao clube universitário para a disputa da Taça Cidade de São Paulo de Juniors. Um dos jogadores de linha, Roberto, era goleiro.
Em 5 de junho de 1975, o Jaguar solicitou licença pelo prazo de um ano, por não dispor de recursos para participar do certame oficial daquele ano.
Em 1976, o profissionalismo foi definitivamente implantado no futebol do Distrito Federal. O Jaguar nunca mais voltou a disputar uma competição oficial.